UGENE官网

UGENE（Unipro UGENE）是一款免费开源的生物信息学软件，由位于俄罗斯新西伯利亚科学城的 Unipro 公司自2008年起持续开发，采用 GPLv2 许可证发布，可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行，界面支持英文与俄文，程序以 C++ 与 Qt 编写。 软件面向分子生物学与基因组学研究，提供图形界面与命令行两种使用方式。其核心能力包括核酸与蛋白质序列的创建、编辑和注释，序列快速检索与开放阅读框查找，以及多重序列比对——内置 Clustal W 与 Clustal O、MUSCLE、Kalign、MAFFT、T-Coffee 等常用算法。围绕下一代测序数据，软件集成了变异检测、RNA-seq 与 ChIP-seq 分析流程、短读段比对以及能够浏览数亿条短读段的装配浏览器，支持 SAM、BAM、ACE 等格式。此外还提供限制性内切酶查找与 REBASE 数据库集成、Primer3 引物设计、质粒构建与体外克隆、染色质免疫共沉淀分析、宏基因组分类等工具。 UGENE 采用模块化插件架构，目前提供五十余个插件用于集成第三方工具。其工作流设计器允许用户以图形化方式，把数据读取、算法执行与结果输出等模块拼接成分析流程，并在本地计算机上运行，便于规避大文件传输与网络依赖问题。软件还内置三维结构查看器，可读取 PDB 与 MMDB 格式文件，并集成 GOR IV、PSIPRED 等蛋白质二级结构预测算法；系统发育分析方面支持邻接法、最大似然法与贝叶斯推断，并可对进化树进行编辑与重新定根。 开发团队保持较快的迭代节奏，每个版本周期约一至两个月，新增功能多由用户需求驱动。官网版本历史显示，该项目于2023年迎来发布十五周年，当前最新版本为2026年3月发布的 53.1 版。官网提供软件下载、文档手册、版本历史、常见问题与社区论坛等版块，用户可获取各平台的安装包与使用教程。该项目官网原位于 ugene.unipro.ru，现已迁移至 ugene.net。